Trimmomatic
Illumina NGS 데이터를 대상으로 품질 점수 기반 트리밍, 어댑터 제거, 길이 필터링 등을 지원하며, 다양한 분석 파이프라인에 활용되는 유연하고 강력한 전처리 도구.
TrimGalore
Cutadapt과 FastQC를 기반으로 시퀀싱 리드에서 어댑터 서열 제거와 품질 기반 트리밍을 자동 수행하여 전처리 품질을 표준화하는 NGS 전처리 통합 도구.
Sickle
Next-Generation Sequencing 데이터에서 품질 점수가 낮은 염기를 기반으로 리드를 트리밍하여 후속 분석의 정확도를 높이는 데 활용되는 간단하고 빠른 전처리 도구.
FASTX-Toolkit
NGS 시퀀싱 결과로 생성된 FASTA 및 FASTQ 형식의 리드 데이터를 대상으로 필터링, 트리밍, 변환 등 다양한 전처리 작업을 명령줄 기반으로 수행하는 도구 모음.
FastQC
시퀀싱된 NGS 데이터의 전체 품질을 종합적으로 평가하며, 염기별 품질, GC 함량, 중복도, 어댑터 오염 등 다양한 품질 지표를 시각적으로 제공하는 품질 관리 도구.
fastp
시퀀싱된 FASTQ 데이터를 대상으로 어댑터 제거, 트리밍, 필터링, 오류 수정, 품질 통계 생성 등 다양한 전처리 작업을 고속으로 수행하는 통합형 품질 관리 도구.
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