ZGA
Prokaryote 게놈을 대상으로 Illumina/ONT/PacBio 리드의 QC–Preprocessing–Hybrid Assembly–Polishing–Assembly QC(CheckM)–Annotation(Bakta) 를 자동화하는 통합 파이프라인.
SNAP
짧은 DNA 시퀀스를 기준으로 고속 정렬을 수행하며, 높은 정확도를 바탕으로 대규모 시퀀싱 데이터 처리에 적합한 효율적인 정렬기. 주로 NGS 데이터에 사용됨.
BWA
Burrows-Wheeler 변환과 FM-인덱스를 이용해 짧은 염기서열을 대용량 참조 유전체에 빠르고 정확하게 정렬하며, DNA 재시퀀싱 및 NGS 기반 분석에서 광범위하게 활용되는 고속 정렬 도구.
Bowtie2
긴 리드, 갭, 로컬 정렬을 포함한 다양한 시퀀싱 패턴에 대응하며, 빠른 속도와 낮은 메모리 사용률로 페어엔드 및 리패어 정렬까지 지원하는 고성능 차세대 정렬 도구.
Bowtie
짧은 DNA 리드를 FM-인덱스를 활용해 메모리 효율적으로 정렬하며, 대용량 NGS 데이터에서 높은 속도와 정확도로 단일엔드 시퀀싱 결과를 정렬할 수 있도록 설계된 초고속 유전체 정렬 도구.
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