메타지놈 시퀀싱 데이터에서 바이러스 유전체를 자동으로 탐지하고 분류하며, 숙주 정보 예측과 유전자 주석 기능까지 포함하는 종합적인 분석 파이프라인.

대용량 또는 단일세포 RNA-seq 데이터를 기반으로 면역계의 T세포 및 B세포 수용체(TCR/BCR) 서열을 정확히 재구성하고 레퍼토리를 분석하는 면역 유전체학 도구.

정렬된 RNA-seq BAM 파일에서 유전자 또는 전사체 수준의 TPM(백만 개당 전사체 수) 값을 효율적으로 계산하여 유전자 발현량 비교에 활용하는 정량 분석 도구.

RNA-seq 및 DNA-seq 데이터를 위한 빠른 리드 정렬, 피처 카운팅, 유전자 발현 정량화 등을 수행하는 고성능 유전체 분석 도구 세트로, 다양한 하위 모듈 제공.

RNA-seq 정렬 데이터를 기반으로 새로운 전사체를 조립하고 발현량을 정량화하며, 알려진 유전자 주석과 결합하여 정확한 전사체 구조를 복원하는 도구.

대규모 시퀀싱 데이터를 기반으로 유전자형 데이터를 정밀하게 페이징하여 하플로타입 구조를 예측하고, 다양한 유전학적 분석에 활용할 수 있는 페이징 도구.

딥러닝 기반 반지도 학습 기법을 이용해 메타지놈 시퀀싱 데이터로부터 유전체를 효과적으로 분류하고 클러스터링하여 고품질 바이닝 결과를 생성하는 분석 도구.

SAM, BAM, CRAM 형식의 유전체 정렬 데이터를 필터링, 정렬, 인덱싱, 통계 분석 등 다양한 방식으로 조작하고 처리하는 표준 명령줄 기반의 분석 도구 모음.

RNA-Seq 시퀀싱 데이터를 기반으로 유전자와 아이소폼 수준에서의 발현량을 정확하게 추정하며, 정량 분석 및 차등 발현 분석의 기초 자료로 활용되는 도구.

중복 제거, 리드 정렬, 인덱싱, BAM 파일 정리 등 고처리량 시퀀싱 데이터를 전처리하고 조작하기 위한 다양한 Java 기반 명령줄 도구를 포함하는 유틸리티 모음.

16S rRNA와 같은 마커 유전자를 기반으로 미생물군집 시퀀싱 데이터를 전처리, 정렬, OTU 분류, 다양도 분석까지 통합적으로 수행하는 대표적인 분석 도구.

짧은 리드 기반 메타지놈 시퀀싱 데이터를 분류하기 위해 압축된 참조 데이터베이스를 활용하여 각 리드에 계통학적 태그를 부여하는 초고속 분류 시스템.

SAM, BAM, CRAM, VCF, BCF 등 고속 시퀀싱 데이터를 저장하는 유전체 파일 포맷을 처리하기 위한 C 기반 라이브러리로, 파일 입출력과 압축, 인덱싱 기능을 제공.

전사인자 결합 모티프를 정밀하게 탐색하고, ChIP-Seq, RNA-Seq 등 다양한 차세대 시퀀싱 데이터를 분석하며 시각화 기능을 제공하는 유전체 기반 기능 예측 도구.

복수의 메타지놈 binning 도구에서 생성된 후보 bin 세트를 통합하여 비교 평가하고, 비중복 고품질 bin만 선별해 최종 메타지놈 유전체 구성을 개선하는 데 활용되는 통합 분석 도구.

메타지놈 또는 다중 유전체 시퀀싱 데이터를 입력으로 하여 유전체·유전자별 커버리지, 존재 비율, 풍부도 등을 효율적으로 산출하는 명령줄 기반 분석 도구.

대규모 염기서열 데이터에서 유사한 서열을 기준 유사도에 따라 빠르게 클러스터링하고 중복을 제거하여 서열의 다양성과 대표성을 유지하는 데 활용되는 고속 서열 클러스터링 도구.

대용량 FASTA 형식의 서열 파일을 인덱싱하고 cdbyank와 함께 특정 서열 또는 범위를 빠르게 검색할 수 있도록 지원하는 경량 서열 인덱싱 및 추출 도구.

Kraken 분류 결과를 기반으로 메타게놈 샘플 내 종 또는 속 수준의 풍부도를 정밀하게 재추정하며, 오분류 교정을 통해 정확한 미생물 군집 구조를 분석할 수 있는 통계 기반 풍부도 추정 도구.

BED, GFF, VCF 등 다양한 포맷의 유전체 특징 간 교차, 병합, 분할, 서브셋 추출 등 복잡한 연산을 빠르고 효율적으로 수행하는 범용 유전체 분석 도구 모음.

BED, GFF, VCF 등 다양한 포맷의 유전체 특징 간 교차, 병합, 분할, 서브셋 추출 등 복잡한 연산을 빠르고 효율적으로 수행하는 범용 유전체 분석 도구 모음.

다양한 필터링, 정렬, 병합, 통계, 변환 및 서브셋 추출 기능을 지원하며 BAM 파일을 정밀하게 조작하고 효율적으로 분석할 수 있도록 돕는 C++ 기반 고성능 명령줄 도구 모음.