Strelka2
체세포 및 생식세포 유전체에서의 단일 염기 변이 및 소규모 삽입·결실을 고정밀로 탐지하며, 속도와 정확성을 모두 갖춘 고성능 변이 분석 파이프라인.
STAR
RNA-seq 데이터를 대상으로 스플라이싱 이벤트를 정확히 탐지하며, 고속 정렬 기능을 통해 대용량 유전체 분석에 적합한 초고속 RNA-seq 정렬 도구로 널리 활용됨.
minimap2
장기 리드와 짧은 리드 시퀀싱 데이터를 모두 지원하며, 유전체 정렬과 전사체 정렬, read-to-read 정렬까지 다양한 목적에 최적화된 고속 범용 정렬 도구.
HISAT-3N
3-뉴클레오타이드 변환 기반 알고리즘을 통해 비스울파이트 및 다양한 염기 치환 시퀀싱 데이터를 정밀하게 정렬하며, 에피제네틱 변형 분석에 최적화된 고속 정렬 도구.
HISAT2
짧은 리드 기반 RNA-Seq 데이터를 고속으로 처리하며, 스플라이싱 정보를 반영한 정확한 정렬을 지원하고 메모리 효율이 뛰어난 차세대 염기서열 정렬 도구.
graphtyper
그래프 기반 유전체 정렬 및 분석 기법을 활용해 다양한 유전적 변이를 정밀하게 탐지하며, 대규모 인구 유전체 데이터를 효율적으로 처리하는 고성능 변이 분석 도구.
DIAMOND
고속 정렬 알고리즘을 통해 대규모 단백질 서열 및 번역된 DNA 서열 간의 유사성을 신속하게 비교 분석하며, BLASTX보다 수백 배 빠른 속도를 제공하는 고성능 서열 정렬 도구.
BLAST
유전체, 단백질, 전사체 등 다양한 생물학적 서열 간의 지역적 유사성을 탐색하고 상동성 분석, 유전자 기능 추론, 계통 비교 등에 활용되는 고속 서열 정렬 도구.
Bismark
비스울파이트 처리된 시퀀싱 데이터를 기준 유전체에 정렬하고, 시토신 메틸화 상태를 정확히 판별하여 CpG, CHG, CHH 컨텍스트에서 메틸화 패턴을 분석하는 고정밀 메틸화 분석 도구.
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