Prokaryote 게놈을 대상으로 Illumina/ONT/PacBio 리드의 QC–Preprocessing–Hybrid Assembly–Polishing–Assembly QC(CheckM)–Annotation(Bakta) 를 자동화하는 통합 파이프라인.

소규모 유전체, 단일 세포 및 메타지놈 시퀀싱 데이터를 기반으로 고정밀 유전체 조립을 수행하며, 다양한 실험 조건에 적응 가능한 유연한 어셈블리 도구.

짧은 DNA 시퀀스를 기준으로 고속 정렬을 수행하며, 높은 정확도를 바탕으로 대규모 시퀀싱 데이터 처리에 적합한 효율적인 정렬기. 주로 NGS 데이터에 사용됨.

오류 교정 없이 정렬 정보만을 활용해 장기 리드 시퀀싱 데이터를 빠르게 조립하며, 단순화된 알고리즘으로 초기 유전체 어셈블리 구조를 효율적으로 생성하는 도구.

대규모 메타지놈 시퀀싱 데이터를 빠르게 처리하고 조립할 수 있도록 설계된 메모리 효율성과 속도를 겸비한 de novo 유전체 조립 특화 고성능 분석 도구.

PacBio HiFi long-read 데이터를 기반으로 이종접합성을 반영한 디플로이드 유전체를 정확하게 조립하며, 고품질 de novo 유전체 어셈블리를 효율적으로 생성하는 최신 조립 파이프라인.

PacBio 및 Oxford Nanopore 시퀀싱에서 생성된 고노이즈 장기 리드를 정제하고 조립하며, 중복 제거, 교정, 트리밍 단계를 거쳐 고품질 유전체 초안을 생성할 수 있는 장기 리드 전용 유전체 조립 도구.

Burrows-Wheeler 변환과 FM-인덱스를 이용해 짧은 염기서열을 대용량 참조 유전체에 빠르고 정확하게 정렬하며, DNA 재시퀀싱 및 NGS 기반 분석에서 광범위하게 활용되는 고속 정렬 도구.

긴 리드, 갭, 로컬 정렬을 포함한 다양한 시퀀싱 패턴에 대응하며, 빠른 속도와 낮은 메모리 사용률로 페어엔드 및 리패어 정렬까지 지원하는 고성능 차세대 정렬 도구.

짧은 DNA 리드를 FM-인덱스를 활용해 메모리 효율적으로 정렬하며, 대용량 NGS 데이터에서 높은 속도와 정확도로 단일엔드 시퀀싱 결과를 정렬할 수 있도록 설계된 초고속 유전체 정렬 도구.