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KOBIC 소식

바이오소재 뉴스레터(2025년 1월호) 발행

바이오소재 뉴스레터(2025년 1월호) 발행 KOBIC은 바이오소재 분야의 국내외 이슈를 전하고, 선정된 분야의 논문 및 특허를 분석한 <바이오소재 뉴스레터>를 매달 1회에 전하고 있습니다. 이번달에는 2025년 1월 뉴스레터가 발행되었습니다. 앞으로도 바이오소재 분야의 전문성 있는 소식을 전하고자 노력하겠습니다. 해당 자료는 바이오소재 총괄지원단 뉴스레터 자료실에서도 내려받을 수 있습니다. 2025-01-10

KOBIC 공지

23 2024.12
한국생명공학연구원 보안솔루션 업그레이드로 인한 순단현상 발생 안내새글 한국생명공학연구원에서 보안솔루션 업그레이드 작업을 아래와 같이 진행합니다. ○ 일 시 : 2024년 12월 31일(화) 11:00 ~ 13:00 (2시간)○ 내 용 : 보안솔루션(유해사이트차단시스템) 업그레이드 작업○ 영 향 : 작업중 네트워크 순단현상 발생 빠른 시간 내에 처리될 수 있도록 노력하겠습니다.감사합니다.

최신 연구 등록 정보

BioProject Transcriptome of cell-based chicken
  • Project IDKAP241065
  • NTIS 과제번호2710013448

공개 분석 파이프라인

Single-Cell-RNA-Sequencing-Pipeline

Single-cell RNA sequencing pipeline

The Single-cell RNA sequencing pipeline is an extensible toolkit for analyzing single-cell gene expression data using the Scanpy framework. It includes methods for preprocessing, visualization, clustering, and differential expression testing. Its Python-based implementation efficiently handles datasets containing more than one million cells. We introduce ANNDATA, a generic class for managing annotated data matrices. The pipeline features: 1. Regression of confounding variables, normalization, and identification of highly variable genes. 2. t-SNE and graph-based (Fruchterman–Reingold) visualizations that show cell-type annotations derived from comparisons with bulk expression data. 3. Clustering of cells and visualization using the Louvain algorithm, with support for other clustering algorithms as well. 4. Ranking differentially expressed genes in clusters to identify marker genes corresponding to bulk expression labels.
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Single-Cell-RNA-Sequencing-Pipeline

Whole-genome sequencing pipeline

The Whole-genome sequencing(WGS) pipeline is a modular toolkit for processing WGS data. This pipeline takes a FASTQ file as input and provides haplotype call results and annotations and visualizations based on GATK pipeline. First, raw read data with well-calibrated base error estimates in FASTQ format are mapped to the reference genome. The BWA mapping tool is used to align reads to the human genome reference, allowing for up to two mismatches in 30-base seeds, and generate a technology-independent SAM/BAM reference file format. Next, duplicate fragments are marked and removed using Picard(http://picard.sourceforge.net), mapping quality is assessed and low-quality mapped reads are filtered, and Paired-read information is also evaluated to ensure that all mate-pair information is in sync between each read. We then refine the initial alignments with local realignment and identify suspicious regions. Using this information as a covariate along with other technical covariates and known sites of variation, the GATK base quality score recalibration(BQSR) is performed. Germline SNPs and indels are called via local reassembly of haplotypes using the recalibrated and realigned BAM files. Finally, we provide Somalier, a tool to quickly assessing sample relevance from sequencing data in BAM, CRAM or VCF format.
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KOBICian's Story
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[42호] 쉼 없이 달려온 일 년을 돌아보며 정해영
KOBIC에서 일하면서 달리기에 입문하게 되었습니다. 특별한 계기가 있었던 것은 아닙니다. 매년 종합건강검진을 위해 문진표를 작성하면서 평소에 숨이 약간(또는 많이) 차게 만드는 운동 및 근력운동을 하느냐는 질문에 항상 ‘아니오’라는 민망한 답을 써 오다가, 이대로는 안 되겠다 싶어서 지난 8월 5일부터 갑자기 달리기를 시작하게 되었습니다. 별다른 시설이나 장비가 필요하지 않고, 혼자서 할 수 있다는 것도 가장 중요한 이유가 되었습니다. 퇴근 후 주 3~4차례 달리기를 위해 집을 나설 때마다 오늘은 또 얼마나 힘이 들지 늘 걱정이 됩니다. 워밍업은 매번 충분하지 않아서 출발 직후에는 몸이 무겁고 관절도 부드럽게 돌지 않습니다. 그러나 인적 드문 한밤의 갑천변 산책로를 무념무상으로 뛰다 보면 점점 몸이 더워지고, 어느덧 대략 3 km 지점의 반환점을 돌아 출발점으로 되돌아오면서 동네 입구의 아파트 불빛이 보이기 시작합니다. ‘얼마 남지 않았구나!’ 마치 재부팅 뒤 컴퓨터가 깨끗해지듯, 오늘 하루 머릿속을 어지럽히던 온갖 스트레스와 잡념은 싹 지워집니다. 겨울밤의 추위는 별다른 방해가 되지 못합니다. 오히려 덥고 땀이 난다고 하여 함부로 웃옷 지퍼를 내리고 몸을 차갑게 하면, 저처럼 체온 관리에 실패하여 심한 감기에 걸려 연말까지의 달리기 계획을 모두 접어야 할 수 있습니다. 달리기의 유익함을 틈나는 대로 주변에 설파하다가 감기에 자주 걸려 체면을 많이 구겼습니다. 역시 ‘런린이’(러닝 + 어린이, 달리기 초보자)의 입방정이 문제였던 것이겠지요.멀게만 느껴지던 일 년의 끝이 손에 잡힐 듯 겨우 하루 앞으로 다가왔습니다. 과연 잘 해낼 수 있을지 걱정하면서 신발끈을 고쳐 매듯 마음을 다잡고 KOBIC에서의 업무를 시작하였는데, 어느덧 꽤 많은 거리를 달려왔고 이제는 주변의 풍경도 여유롭게 감상할 수준이 된 것 같습니다. 생각보다 정말 많은 일을 경험하였습니다. 불과 얼마 전까지만 해도 개인 차원의 걱정 말고는 특별히 신경을 쓸 일이 없었지만, 이제는 쏟아지는 사안의 중대성을 재빠르게 판단하여 처리 우선순위를 결정하고 무거운 마음으로 결재 버튼을 눌러야 하는 상황이 되었습니다. 판단을 내리기에 앞서 충분한 정보를 수집하였는지, 과연 합당한 근거를 바탕으로 올바르게 판단하였는지, 지금 내리는 결정이 조직의 책무에 부합하는지, 미래를 위한 대비는 올바르게 하고 있는지, 센터장이라는 페르소나에 충실하기 위해 감정을 더욱 절제하고 드러나지 않게 해야 하는지, 조직의 생존을 위해 외부에 대해 지금보다는 더욱 싸움닭 같은 태도를 보여야 하는 것은 아니었는지... 지금도 제 머릿속에는 끊임없이 물음표가 맴돌고 있습니다.다행스럽게도 이러한 짐을 저 혼자만 질 필요는 없었습니다. 너무나 헌신적으로 일하는 KOBICian 여러분들이 있었기에 큰 과오 없이 지난 일 년을 보낼 수 있었다고 생각합니다. 흔히 과학자라고 하면 연구실에 틀어박혀 지식의 탐구에 몰두하는 사람의 모습을 떠올리게 됩니다. 그러나 KOBIC은 바이오 소재 정보와 데이터의 교환소, 즉 ‘장터’와 같은 곳으로서 저마다 목소리를 내는 이해당사자들의 의견을 듣고 서로가 만족하면서 가치 교환을 이룰 수 있는 터전을 제공하는 곳입니다. 따라서 창고는 튼튼해야 하고, 재고 목록은 늘 제대로 업데이트되어 있어야 하며, 비가 새거나 차고 더운 바람이 들어오면 곤란하고, 때로는 차 한잔을 놓고 이야기를 나누면서 쉬어 갈 수도 있어야 합니다. 제가 느낀 KOBICian은 연구자 또는 엔지니어로서 개인적으로 성취하고 싶은 일은 잠시 내려놓고 일절 사심 없이 저희가 제공하는 서비스를 이용하려는 고객들에게 최선을 다하는 사람들이었습니다. 여기에서 느끼는 가장 소중하고 행복한 일상은 매주 KOBICian’s Story 원고를 매만질 때입니다. 게시할 새로운 글을 자발적으로 투고하는 것은 업무에 바쁜 KOBICian들께는 결코 쉬운 일은 아니었을 것입니다. 이 글을 통해서 각자 KOBIC 내에서 어떤 소중한 일을 하고 있는지 이해를 높이는 계기가 되었다고 생각합니다. 부처에서도 이 글을 통해 유용한 정보를 접하게 되었다고 알려 왔을 때에는 정말 많은 보람을 느꼈습니다. 간혹 다른 글에 비하여 조회수가 월등하게 높은 글이 있습니다. 저도 그런 글이 흥행에 성공한 이유가 무엇일지 나름대로 분석을 해 보게 됩니다. 워낙 좋은 내용으로 글을 썼고, 또한 제목을 아주 효과적으로 잘 뽑았기에 외부에서 검색을 타고 유입되는 방문자가 많아서 그랬을 수도 있고, 혹은 글을 쓴 사람 자체가 KOBIC 내부에서 호기심을 유발하는 대상이기 때문에 ‘엇, 안 그래도 평소에 무슨 일을 하는지 궁금했었는데 도대체 무슨 글을 올렸을까?’하는 기대감으로 조회수가 올라갔을 수도 있습니다. 어느쪽이 사실이든, KOBICian 개인이 갖고 있는 원석과 같은 가치를 더욱 많은 사람에게 노출하게 되었다면 그것으로 충분히 의미 있는 일이 되었으리라 생각합니다.2025년의 KOBICian’s Story는 3월에 다시 여러분을 찾아뵙도록 하겠습니다. 한 해 동안 정말 수고 많으셨습니다. KOBICian 여러분! 새해 복 많이 받으십시오.
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국가바이오데이터스테이션 데이터 활용 바로가기

바이오 연구 데이터란 생명과학 분야의 국가 R&D 사업을 통해 생산된 모든 종류의 데이터를 의미하며, 이러한 데이터를 활용한 혁신 연구 방식이 각광받으면서 R&D 혁신을 견인하는 핵심요소로 부각되고 있습니다. 이를 위하여 부처·사업·연구자별 흩어져 있는 데이터를 통합 수집·제공하는 국가바이오데이터스테이션을 구축하여 데이터 기반 바이오 연구 환경을 조성하려 합니다.

데이터별 등록 현황

  • 1,073건

    바이오프로젝트

  • 90,968건

    바이오샘플

  • 1,978,642건

    등록된 데이터

바이오 프로젝트 등록 현황

등록 누적 건수(건)
국가 바이오 빅데이터 사업 사업소개 바로가기

정밀의료의 근간이 되는 바이오 빅데이터는 사후적 치료 중심에서 개인 맞춤형 치료·예방의료로 전환됨에 따라 중요도가 커지고 있습니다. 특히 선점 효과가 큰 바이오 산업의 경우 선제적 투자가 필요하며, 주요국들은 대규모 바이오 빅데이터를 구축하고 있습니다. 이에 따라 국가적으로 미래 의료 선도를 위한 국가 바이오 빅데이터를 구축하기 위해 본 사업이 시행되었습니다. 정밀의료 시대의 중심인 '바이오 빅데이터'를 국가차원에서 수집-저장-활용 할 수 있는 기반을 조성하고, 신산업 촉진 및 건강한 삶의 증진에 기여하고자 합니다.

임상정보 수집

16개 희귀질환 협력기관을 지정 운영하여 희귀질환자 모집 후 임상정보 수집

데이터 분석

수집된 희귀질환자의 검체를 자원 제작 기관으로 운송 후 유전체 데이터 생산ㆍ분석

데이터 공유

수집된 임상정보 및 유전체 데이터는 3개의 기관에서 컨소시엄을 구성해 공유

데이터 활용

분석한 데이터는 희귀질환자 상담 및 진료 ㆍ연구 활동 등에 활용

유전체 데이터 25,000
변이분석 데이터 25,000
임상 정보 25,000
코호트 7
감염병 연구정보포털 소개 바로가기

감염병 연구정보포털(Infectious Disease Data Portal)은 전 세계 감염병 바이러스의 연구데이터를 통합 제공하는 포털 서비스 입니다. 빠르게 변화하는 상황에서 감염병을 이해하고 치료법과 백신을 개발하기 위해 데이터와 결과를 조화롭게 공유하기 위해 KOBIC은 전세계 감염병의 연구정보데이터를 통합하여 제공하고 있습니다.

시퀀스 대시보드

88,386 국내 유전체 서열
1,354 국내 단백질 서열
19,685,177 국외 유전체 서열
35,837,682 국외 단백질 서열
19,764,289 코로나 유전체 서열
35,333,179 코로나 단백질 서열
바이러스

감염병 개요, 입자 및 유전체 구조, 생활사, 역학, 변이 등 바이러스에 대한 통합 정보를 제공

데이터

전세계에서 수집한 염기서열 및 단백질 서열, 단백질 구조를 품질분석하여 제공

통계

바이러스 데이터의 발병 시기, 지역, 변이 등 다양한 통계 서비스

분석도구

간단한 웹 기반의 감염병 표준 염기서열 BLAST 서비스

교육지원

  • 042-879-8507
  • kkjjhhk@kribb.re.kr

[종료] 제 50회 차세대 생명정보학 교육 워크샵 - 공간 전사체 분석 워크샵 (Advanced course)

  • 일시24. 08. 21(수) 13:00 ~ 24. 08. 21(수) 17:00
  • 장소한국생명공학연구원 KOBIC동 3층 교육실

[종료] 제 49회 차세대 생명정보학 교육 워크샵 - Illumina Dragen 활용 전장유전체 데이터 분석 교육

  • 일시24. 07. 23(화) 10:00 ~ 24. 07. 23(화) 17:00
  • 장소한국생명공학연구원 KOBIC동 3층 교육실

교육지원 누적 실적(건)

연구지원

국내 생명과학 연구의 활성화를 위하여 생명정보학 전문지식 습득 및 전산자원이 필요한 연구자 여러분들께 다양한 생명정보학 관련 연구를 지원합니다.

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  • swhwang@kribb.re.kr

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